Nella collezione manoscritti della biblioteca si conservano numerosi carteggi di personaggi illustri (uomini politici, letterati, artisti, filosofi, ecc.) e di enti pubblici e privati.
Qui sotto si dà l'elenco completo, in ordine alfabetico, di tutti gli "autori" di carteggi conservati nella Biblioteca. Dalla voce Agliardi Camillo sino alla voce Mascheroni Lorenzo la descrizione dei singoli carteggi è stata redatta da Sophie Cenati. Dalla voce Mattioli Guglielmo sino a Zucchi Carlo la descrzione è tratta dalla pubblicazione della Regione Lombardia:
I carteggi delle biblioteche lombarde. Censimento descrittivo. Volume II, a cura di Vanna Salvadori, Milano, Editrice Bibliografica 1991.
Le schede dei carteggi curate da Sophie Cenati sono strutturate con queste voci:
1. Notizie biografiche dell'autore del carteggio;
2. Altra documentazione (si dà conto se nella Biblioteca si conservano dello stesso autore, oltre al carteggio, documenti manoscritti o opere manoscritte;
3. Lettere (si elencano gruppi o fondi di lettere, preceduti sempre dalla relativa segnatura);
4. Strumenti di corredo (si elencano sia quelli cartacei sia quelli in linea sul sito web della Biblioteca);
5. Bibliografia (solamente quella che si riferisce espressamente ai carteggi descritti)
- Agliardi Camillo, storico (1749-1795)
- Agosti Giulio Cesare, accademico (sec. XVIII)
- Albani famiglia, (secc. XVI-XIX)
- Albani Giangirolamo, cardinale (sec. XVI)
- Alessandri Angelo, ingegnere (1846-1933)
- Alessandri Antonio, bibliotecario (1839-1876)
- Alessandri Marco, uomo politico (1755-1830)
- Ammannati Giacomo, segretario (1422-1479)
- Antoine Vincenzo, stampatore (1777-1804)
- Archetti famiglia, (secc. XV-XIX)
- Barboglio Giovanni, architetto (1864-1945)
- Barca Alessandro, erudito (1741-1814)
- Baretti Giuseppe, scrittore (1719-1789)
- Bartoli Giuseppe, erudito (1717-1788)
- Belotti Antonio, uomo politico (1835-1877)
- Belotti Bortolo, uomo politico (1877-1944)
- Beltramelli Giuseppe, letterato (1734-1816)
- Beltrami Costantino, esploratore (1779-1855)
- Beltrami Luigi Felice, matematico (1771-1843)
- Beltrami Vincenzo, (1821-1880)
- Bentivoglio Guido, cardinale (1577-1644)
- Benzoni Giovanni Maria, scultore (1809-1873)
- Bertacchi Giuseppe, ragioniere (sec. XIX)
- Bonettini Francesco, commerciante (sec. XIX)
- Bezzi Ergisto, uomo politico (1835-1920)
- Bonesi Marco, violinista (1796-1874)
- Bonicelli Vincenzo, sacerdote (sec. XIX)
- Borromeo Carlo, santo (1538-1584)
- Bottani Giuseppe, chirurgo (1814-1889)
- Bravi Carlo, storico (1794-1860)
- Bravi Giuseppe, matematico (1784-1865)
- Brembati famiglia, (secc. XVI-XVII)
- Brignoli Andrea, commerciante (sec. XIX)
- Brignoli Bonaventura, sacerdote (secc. XVIII-XIX)
- Brisson Alessandro, restauratore (sec. XIX)
- Cagnoni Antonio, musicista (1818-1896)
- Calepio famiglia, (secc. XVI-XIX)
- Calepio Giangirolamo, benedettino (secc. XVIII-XIX)
- Camozzi Gabriele, uomo politico (sec. XIX)
- Camozzi Danieli famiglia, (sec. XIX)
- Camozzi Vertova Giovanni Battista, uomo politico (1818-1906)
- Cantù Cesare, storico (1804-1895)
- Capoferri Pietro, uomo politico (sec. XX)
- Carafa Pier Luigi, cardinale (1581-1655)
- Caragiani famiglia, (secc. XVIII-XIX)
- Carli Gian Rinaldo, uomo politico (1720-1795)
- Carrara Aurelio, cultore d'arte (sec. XIX)
- Carrara Giacomo, cultore d'arte (sec. XVIII)
- Cavagnis Felice, cardinale (1841-1906)
- Caversazzi Ciro, letterato (1865-1947)
- Cima Francesco, medico (sec. XIX)
- Coghetti Francesco, pittore (1802-1875)
- Colleoni Giovanni, poeta (1797-1842)
- Colombi Della Bianca Girolamo, uomo politico (sec. XIX)
- Comaschi Luigi, docente (1792-1886)
- Commendone Giovanni Francesco, cardinale (1523-1584)
- Comune di Bergamo Archivio storico, (secc. XV-XX)
- Consorzio della Misericordia Maggiore, (secc. XVI-XIX)
- Conti Manfredo, conte (secc. XVII-XVIII)
- Cornaro Giuseppe Antonio, parroco (1725-1791)
- Cossa famiglia, (sec. XIX)
- Crespi Luigi, scrittore d'arte (1709-1779)
- Curò Giacomo, commerciante (sec. XIX)
- Custodi Pietro, uomo politico (1771-1842)
- Dabbalà Giuseppe, docente (sec. XIX-XX)
- d'Annunzio Gabriele, poeta (1863-1938)
- Diotti Giuseppe, pittore (1779-1846)
- Donadoni Filippo, predicatore (sec. XVIII-1826)
- Donizetti Gaetano, musicista (1797-1848)
- Dossi Gabriele, bibliotecario (sec. XIX)
- Facheris Giacomo, medico (secc. XVIII-XIX)
- Farsetti Daniele, poeta (sec. XVIII)
- Finardi Angelo, agostiniano (secc. XVII-XVIII)
- Finazzi Giovanni, letterato (1802-1877)
- Fogazzaro famiglia, (sec. XIX)
- Furietti Giuseppe Alessandro, cardinale (1684-1764)
- Gaffuri Paolo, editore (1849-1931)
- Gamba Giuseppe collezione sul risorgimento, (1803-1917)
- Gamba Bartolomeo, erudito (1776-1841)
- Gambara Uberto, cardinale (1449-1569)
- Giovanelli famiglia, (secc. XVII-XX)
- Giovanni XXIII, papa (1881-1963)
- Goltara famiglia, (secc. XVIII-XIX)
- Gonzaga famiglia, (sec. XV)
- Grismondi Secco Suardo Paolina, poetessa (1746-1801)
- Locatelli famiglia, (secc. XVIII-XIX)
- Locatelli Giuseppe, bibliotecario (1872-1951)
- Locatelli Pasino, letterato (1822-1894)
- Lochis Carlo, uomo politico (1843-1899)
- Lochis Guglielmo, collezionista d'arte (1789-1859)
- Lupo Mario, storico (1720-1789)
- Maffei Andrea, letterato (1798-1885)
- Magrini Luigi, ingegnere (1802-1869)
- Mai Angelo, cardinale (1782-1854)
- Mangili Giuseppe, naturalista (1767-1829)
- Mangili Pietro, (sec. XIX)
- Mantovani Gaetano, archeologo (secc. XIX-XX)
- Marieni Carlo, docente di economia (1771-1843)
- Martinengo Cesaresco famiglia, (secc. XVII-XIX)
- Martinengo Colleoni famiglia, (secc. XVI-XX)
- Martini de Baldassare, accademico (sec. XVIII)
- Mascheroni Lorenzo, matematico (1750-1800)
- Mattioli Guglielmo, musicista (1857-1924)
- Mayr Johann Simon, musicista (1763-1845)
- Mazzi Angelo, storico e bibliotecario (1841-1925)
- Mazzoleni famiglia, (secc. XVII-XVIII)
- Mazzuccotelli Antonio, (sec. XIX)
- Medolago famiglia, (sec. XVIII)
- Medolago Pietro, nunzio (sec. XVII)
- Mellerio Giacomo, uomo politico (1777-1847)
- Melzi d'Eril Luigi, (secc. XVIII-XIX)
- Memmo famiglia, (secc. XVIII-XIX)
- Milesi Sereno, ingegnere (1821-1904)
- Moreschi Carlo, letterato (1771-1835)
- Muletti Sebastiano, erudito (sec. XVIII)
- Nava Giacomo, ingegnere (sec. XIX)
- Nini Alessandro, musicista (1805-1881)
- Occha Francesco, umanista (sec. XV)
- Palazzini Giovanni, patriota (1784-1845)
- Pasinetti Luigi, storico (1792-1853)
- Pegurri famiglia, (sec. XIX)
- Peverelli Giuseppe Antonio, costruttore edile (secc. XVIII-XIX)
- Piatti Francesco, francescano (secc. XVIII-XIX)
- Premerlani Fantino, bibliotecario (sec. XIX)
- Quarenghi Giacomo, architetto (1744-1817)
- Ravelli Giuseppe, bibliotecario (1832-1897)
- Ricci Lodovico, letterato (1730-1805)
- Risorgimento Italiano raccolta, (sec. XIX)
- Rocchi Maffeo, erudito (sec. XVIII)
- Ronchetti Giuseppe, storico (1752-1838)
- Rota Angelo Michele, (sec. XVIII)
- Rota Pietro, storico (sec. XIX)
- Rubini Giovan Battista, tenore (1794-1854)
- Ruggeri da Stabello Pietro, poeta (1797-1858)
- Ruspini Giovanni, chimico (1808-1885)
- Salvioni Agostino, bibliotecario (1768-1853)
- Secco famiglia, (secc. XVI-XIX)
- Secco Suardo Girolamo, accademico (secc. XVIII-XIX)
- Serassi fratelli, (secc. XVII-XVIII)
- Serassi Pier Antonio, letterato (1721-1791)
- Silvestri famiglia, (secc. XVIII-XIX)
- Solerti Angelo, critico letterario (1865-1907)
- Solza Giambattista, poeta (secc. XV-XVI)
- Sonzogno Agostino, poeta (sec. XVIII)
- Spaventa Silvio, uomo politico (1822-1893)
- Spinetti Licurgo, amministratore (sec. XIX)
- Stocchi Aurelio, sacerdote (1835-1918)
- Suardi Giovanni, storico (sec. XIX)
- Tadini Antonio, ingegnere idraulico (1754-1830)
- Taramelli Torquato, geologo (1843-1922)
- Tarenghi Lodovico, letterato (1835-1881)
- Tasca Ottavio, uomo politico (1795-1872)
- Tasca Vittore, patriota (1821-1891)
- Tasso Bernardo, poeta (1493-1569)
- Tasso Torquato, poeta (1544-1595)
- Tassis Ercole, (1749-1831)
- Tassis Francesco Maria, scrittore d'arte (1710-1782)
- Terzi Luigi, marchese (secc. XVIII-XIX)
- Tiraboschi Antonio, bibliotecario (1838-1883)
- Tiraboschi Girolamo, storico della letteratura (1731-1794)
- Testa Gustavo, cardinale (1886-1969)
- Tintori Cesare Francesco, letterato (sec. XVIII)
- Tiraboschi fratelli, (sec. XIX)
- Tisi Giovanni, letterato (sec. XIX)
- Ugoni Camillo, letterato (1784-1855)
- Vaerini Barnaba, storico (1743-1810)
- Varese di Rosate famiglia, (sec. XIX)
- Venanzio Alessandro, garibaldino (1836-1911)
- Vimercati Sozzi famiglia, (secc. XVII-XIX)
- Vismara Agostino, sacerdote (1890-1967)
- Zanardelli Giuseppe, uomo politico (1826-1903)
- Zerbini Elia, poeta (1839-1890)
- Zucchi Carlo, medico (sec. XIX)