La Sezione Musiche provvede alla conservazione e alla gestione delle decine di migliaia di pezzi musicali manoscritti e a stampa (partiture, spartiti, libretti per musica, ecc.) conservati in Biblioteca. Afferiscono alla Sezione tutti i materiali bibliografici, inerenti la materia, reperibili dai cataloghi generali.
Enciclopedie, storie della musica e repertori si trovano nel Salone Furietti.
Nella Sezione Periodici si trovano, invece, alcune riviste d'argomento musicale.
La Sezione Musiche ha anche in gestione la Biblioteca Donizetti, situata in via Arena 9 in Bergamo Alta.

Dal 1874, per iniziativa dell'allora direttore Antonio Alessandri, si costituì il primo nucleo della Sezione Musiche; l'attuale struttura della Sezione è stata ufficialmente costituita nell'aprile 1993 con la nomina di un bibliotecario fondi musicali.

Responsabile della Sezione è Marcello Eynard che si avvale della collaborazione di Fabrizio Capitanio, conservatore, (distaccato presso la Biblioteca dell’Istituto Musicale Gaetano Donizetti ove la Sezione ha attualmente la responsabilità di progetti legati alla conservazione, catalogazione e digitalizzazione dei materiali) e di Paola Palermo, assistente di biblioteca. L'ufficio della Sezione Musiche si trova al piano superiore dell'Istituto accanto all'ufficio fotocopie, nell'angolo nord-orientale dell'edificio.

La Sezione cura il catalogo generale delle musiche e l'incremento del patrimonio, offre consulenza specialistica per ricercatori, studiosi e studenti in tesi di laurea, assiste nella ricerca catalografica e bibliografica (anche a distanza), promuove iniziative culturali (mostre, conferenze, pubblicazioni, concerti, ecc.).

Presso l'ufficio della Sezione Musiche è disponibile al pubblico una tastiera elettronica utilizzabile esclusivamente per lo studio dei pezzi musicali conservati in Biblioteca, alla presenza di almeno un addetto alla Sezione.

I pezzi musicali possono essere consultati nel settore fondi antichi del Salone Furietti e riprodotti tramite microfilm o fotocopie in ottemperanza alle norme che regolano la consultazione dei fondi antichi e archivistici della Biblioteca. I pezzi musicali (partiture, spartiti ecc.) sono esclusi dal prestito ai sensi del Decreto legislativo n. 685 del 16 novembre 1994, art. 5.
I pezzi musicali conservati presso la Biblioteca Donizetti potranno essere consultati presso la sede della stessa biblioteca negli orari di apertura che essa osserva.